Sejajar dengan pengembangan semasa serta kepentingan ummah, maka KUSKOM amat percaya bahawa kepentingan kefahaman dan kelangsungan ilmu asas dan praktikal amat penting dalam usaha merealisasikan matlamat asal penubuhannya. Dengan kesepakatan bersama maka pihak KUSKOM telah menubuhkan satu institusi khas iaitu Institut Perubatan Komplimentari Islam (IP-KI).

Institut Perubatan Komplimentari Islam (IPKI) adalah sangat berkait rapat dengan Rawatan Komplimentari Insaniah (RK-i), yang mana matlamat utama penubuhan IP-KI adalah untuk mengenalpasti, menyusun, mengumpul fakta dan menyampaikan konsep dan apliskasi keilmuan dan kefahaman Rawatan Komplimentari Insaniah (RK-i) kepada semua golongan masyarakat.

Sehingga kini Institut Perubatan Komplimentari Islam (IP-KI) telah berjaya menganjurkan lebih daripada 500 seminar awam di seluruh Malaysia yang telah memanafaatkan hampir 5,000 orang dalam bidang pembangunan diri dan rawatan perubatan komplimentari islam. Dalam masa yang sama juga Institut Perubatan Komplimentari Islam (IP-KI) juga telah berjaya melahirkan 20 orang Perunding Profesional, 24 orang Pengamal Profesional dan 36 orang Pengamal Pelatih melalui program pensijilan kemahiran Rawatan Komplimentari Insaniah/Rawatan Komplimenatari Islam.

IP-KI yang pada masa ini beroperasi secara sementara di Taman Teratai Johor mempunyai kemudahan gunasama Bilik Kuliah, Mini Perpustakaan, Makmal Islamik Bio-Energiologi, Wad Simulasi dan Bilik Praktikal Rawatan. Sehingga kini IP-KI telah dijemput untuk mengendalikan pelbagai kursus dan seminar, antaranya Kolej Islam Johor (Marsah), Fakulti Sains UTM Skudai (Jabatan Fizik), Universiti Tun Hussein Onn (PENTAS), Majlis Amanah Rakyat (MARA Johor), Madrasah Arabiah Kluang (MAK), Hospital Segamat dan lain-lain lagi.

Antara program khas yang ditawarkan di IP-KI ialah :
• Sijil Asas Rawatan Komplimentari Insaniah
• Sijil Kemahiran Rawatan Komplimentari Insaniah
• Sijil Kemahiran Perubatan Komplimentari Islam
• Diploma Eksekutif Perubatan Komplimentari Islam

Pada masa ini, IP-KI dalam usaha merangka silibus untuk menawarkan kursus-kursus dalam bidang Rawatan Perubatan Komplimentari Islam keperingkat yang lebih tinggi, iaitu Diploma dan Ijazah Sarjana Muda. Usaha ini sedang giat dilaksanakan dengan mengadakan usahasama dengan universiti tempatan, antaranya Universiti Teknologi Malaysia.